MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Chlamydia psittaci VS225 plasmid pcpVS225

Total Repeats: 125

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018638	AGA	2	6	555	560	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598919
2	NC_018638	T	8	8	602	609	0 %	100 %	0 %	0 %	406598919
3	NC_018638	ATA	3	9	690	698	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598919
4	NC_018638	TGAT	2	8	703	710	25 %	50 %	25 %	0 %	406598919
5	NC_018638	TGT	2	6	718	723	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598919
6	NC_018638	CT	3	6	750	755	0 %	50 %	0 %	50 %	406598919
7	NC_018638	T	6	6	835	840	0 %	100 %	0 %	0 %	406598919
8	NC_018638	A	6	6	978	983	100 %	0 %	0 %	0 %	406598919
9	NC_018638	AAC	2	6	985	990	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598919
10	NC_018638	CT	3	6	993	998	0 %	50 %	0 %	50 %	406598919
11	NC_018638	TAA	2	6	1082	1087	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598919
12	NC_018638	AT	3	6	1124	1129	50 %	50 %	0 %	0 %	406598919
13	NC_018638	TGC	2	6	1134	1139	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598919
14	NC_018638	AT	3	6	1265	1270	50 %	50 %	0 %	0 %	406598919
15	NC_018638	CTA	2	6	1277	1282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598919
16	NC_018638	TTCT	2	8	1306	1313	0 %	75 %	0 %	25 %	406598919
17	NC_018638	GCT	2	6	1348	1353	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598919
18	NC_018638	AAT	2	6	1369	1374	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598919
19	NC_018638	TGG	2	6	1384	1389	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598919
20	NC_018638	AGA	2	6	1709	1714	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598920
21	NC_018638	AC	3	6	1776	1781	50 %	0 %	0 %	50 %	406598920
22	NC_018638	TCTG	2	8	1785	1792	0 %	50 %	25 %	25 %	406598920
23	NC_018638	AGA	2	6	1793	1798	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598920
24	NC_018638	AGG	2	6	1805	1810	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598920
25	NC_018638	AT	4	8	1912	1919	50 %	50 %	0 %	0 %	406598920
26	NC_018638	TGT	2	6	2054	2059	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598920
27	NC_018638	T	6	6	2076	2081	0 %	100 %	0 %	0 %	406598920
28	NC_018638	TC	3	6	2107	2112	0 %	50 %	0 %	50 %	406598920
29	NC_018638	GTT	2	6	2128	2133	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598920
30	NC_018638	AGTA	2	8	2156	2163	50 %	25 %	25 %	0 %	406598920
31	NC_018638	TAT	2	6	2185	2190	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598920
32	NC_018638	TTC	2	6	2192	2197	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598920
33	NC_018638	ACT	2	6	2220	2225	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598920
34	NC_018638	A	7	7	2333	2339	100 %	0 %	0 %	0 %	406598920
35	NC_018638	CTT	2	6	2347	2352	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598920
36	NC_018638	TCA	2	6	2390	2395	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598921
37	NC_018638	GCT	2	6	2444	2449	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598921
38	NC_018638	TGA	2	6	2476	2481	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598921
39	NC_018638	TAA	2	6	2488	2493	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598921
40	NC_018638	CTG	2	6	2498	2503	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598921
41	NC_018638	TTTC	2	8	2591	2598	0 %	75 %	0 %	25 %	406598921
42	NC_018638	A	6	6	2610	2615	100 %	0 %	0 %	0 %	406598921
43	NC_018638	TTG	2	6	2646	2651	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598921
44	NC_018638	AC	3	6	2707	2712	50 %	0 %	0 %	50 %	406598921
45	NC_018638	CTT	2	6	2739	2744	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598921
46	NC_018638	AGG	2	6	2764	2769	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	406598921
47	NC_018638	ATAC	2	8	2780	2787	50 %	25 %	0 %	25 %	406598921
48	NC_018638	TCT	2	6	2870	2875	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598921
49	NC_018638	TATG	2	8	2922	2929	25 %	50 %	25 %	0 %	406598921
50	NC_018638	ATC	2	6	2977	2982	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598921
51	NC_018638	T	7	7	3046	3052	0 %	100 %	0 %	0 %	406598921
52	NC_018638	TAC	2	6	3072	3077	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598921
53	NC_018638	GTT	2	6	3095	3100	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598921
54	NC_018638	ACC	2	6	3109	3114	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598921
55	NC_018638	T	7	7	3229	3235	0 %	100 %	0 %	0 %	406598922
56	NC_018638	ATT	2	6	3244	3249	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598922
57	NC_018638	TAAG	2	8	3312	3319	50 %	25 %	25 %	0 %	406598922
58	NC_018638	A	6	6	3368	3373	100 %	0 %	0 %	0 %	406598922
59	NC_018638	T	6	6	3378	3383	0 %	100 %	0 %	0 %	406598922
60	NC_018638	TCAT	2	8	3476	3483	25 %	50 %	0 %	25 %	406598922
61	NC_018638	TTA	2	6	3575	3580	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598923
62	NC_018638	TTTG	2	8	3585	3592	0 %	75 %	25 %	0 %	406598923
63	NC_018638	AT	3	6	3613	3618	50 %	50 %	0 %	0 %	406598923
64	NC_018638	ACCAC	2	10	3675	3684	40 %	0 %	0 %	60 %	406598923
65	NC_018638	ACC	2	6	3692	3697	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	406598923
66	NC_018638	AG	3	6	3705	3710	50 %	0 %	50 %	0 %	406598923
67	NC_018638	GTT	2	6	3734	3739	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598923
68	NC_018638	AACA	2	8	3757	3764	75 %	0 %	0 %	25 %	406598923
69	NC_018638	TGA	2	6	3776	3781	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598923
70	NC_018638	ATG	2	6	3864	3869	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598923
71	NC_018638	CAG	2	6	3871	3876	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598923
72	NC_018638	TAAA	2	8	3967	3974	75 %	25 %	0 %	0 %	406598923
73	NC_018638	T	6	6	3988	3993	0 %	100 %	0 %	0 %	406598923
74	NC_018638	ATT	2	6	4047	4052	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	406598923
75	NC_018638	CTT	2	6	4063	4068	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598923
76	NC_018638	TGG	2	6	4174	4179	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598923
77	NC_018638	GCT	2	6	4239	4244	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598923
78	NC_018638	GTT	2	6	4273	4278	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598923
79	NC_018638	TGT	2	6	4440	4445	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598924
80	NC_018638	TTG	2	6	4463	4468	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598924
81	NC_018638	TAAA	2	8	4494	4501	75 %	25 %	0 %	0 %	406598924
82	NC_018638	CTT	2	6	4505	4510	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598924
83	NC_018638	T	6	6	4509	4514	0 %	100 %	0 %	0 %	406598924
84	NC_018638	GTTT	2	8	4544	4551	0 %	75 %	25 %	0 %	406598924
85	NC_018638	T	7	7	4604	4610	0 %	100 %	0 %	0 %	406598924
86	NC_018638	AT	3	6	4627	4632	50 %	50 %	0 %	0 %	406598924
87	NC_018638	CTATTT	2	12	4670	4681	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	406598924
88	NC_018638	T	8	8	4715	4722	0 %	100 %	0 %	0 %	406598924
89	NC_018638	CTA	2	6	4847	4852	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598924
90	NC_018638	ATG	2	6	4870	4875	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598924
91	NC_018638	T	6	6	4887	4892	0 %	100 %	0 %	0 %	406598924
92	NC_018638	TTC	2	6	4914	4919	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598924
93	NC_018638	GA	3	6	4982	4987	50 %	0 %	50 %	0 %	406598924
94	NC_018638	CTT	2	6	5009	5014	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598924
95	NC_018638	CTT	2	6	5099	5104	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598924
96	NC_018638	T	7	7	5142	5148	0 %	100 %	0 %	0 %	406598924
97	NC_018638	ATAA	2	8	5234	5241	75 %	25 %	0 %	0 %	406598924
98	NC_018638	TTG	2	6	5267	5272	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598924
99	NC_018638	GCT	2	6	5293	5298	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	406598924
100	NC_018638	TCT	2	6	5386	5391	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598924
101	NC_018638	CTT	2	6	5473	5478	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598925
102	NC_018638	GTT	2	6	5520	5525	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	406598925
103	NC_018638	CTA	2	6	5554	5559	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	406598925
104	NC_018638	AAT	2	6	5593	5598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598925
105	NC_018638	ACA	2	6	5668	5673	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598925
106	NC_018638	TCT	2	6	5694	5699	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598925
107	NC_018638	T	6	6	5807	5812	0 %	100 %	0 %	0 %	406598925
108	NC_018638	AAG	2	6	6019	6024	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598925
109	NC_018638	TC	3	6	6047	6052	0 %	50 %	0 %	50 %	406598925
110	NC_018638	ATTTG	2	10	6057	6066	20 %	60 %	20 %	0 %	406598925
111	NC_018638	GCA	2	6	6168	6173	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	406598925
112	NC_018638	AAC	2	6	6176	6181	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598925
113	NC_018638	ATA	2	6	6196	6201	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598925
114	NC_018638	GAA	2	6	6222	6227	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	406598925
115	NC_018638	AATC	2	8	6253	6260	50 %	25 %	0 %	25 %	406598925
116	NC_018638	ATG	2	6	6536	6541	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	406598925
117	NC_018638	TCT	2	6	6617	6622	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598925
118	NC_018638	GATATT	2	12	6645	6656	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	406598925
119	NC_018638	AT	3	6	6673	6678	50 %	50 %	0 %	0 %	406598925
120	NC_018638	AT	3	6	6694	6699	50 %	50 %	0 %	0 %	406598925
121	NC_018638	GTG	2	6	6722	6727	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	406598925
122	NC_018638	AAC	3	9	6743	6751	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	406598925
123	NC_018638	AAT	2	6	6766	6771	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	406598925
124	NC_018638	A	6	6	6791	6796	100 %	0 %	0 %	0 %	406598925
125	NC_018638	TCT	2	6	6819	6824	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	406598925

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.